Hola SSJV, tu Chamaecyparis luce bien. Los juníperos tienden a secar de forma natural las hojas que quedan en su interior si estas no reciben la luz, o si no están bien oxigenadas y expuestas a la luz. Si tienes la oportunidad, busca por tu zona algún junípero o thuja que esté fondo y aparta su hojas; podrás ver que estos se secan por dentro, y la masa foliar permanece en las puntas de los brotes. Es por eso que cuando los convertimos en bonsai, tenemos que hacer podas de aclareo, para tener el interior bien ventilado y asegurarnos con el alambrado de que toda la masa de verde está ventilada y soleada.
No parece que el junípero tenga problemas más graves, y si aplicaste fungicidas y el chamaecyparis tenía algún hongo en su interior (que lo desconozco), se habrá solucionado. El peor enemigo de los hongos es la ventilación adecuada, y con lo que te explicaba anteriormente, estaría resuelto.
Ya por último, te diré que en el caso de tu arbolito, es más preocupante que el árbol se seque de fuera hacia dentro que al revés, porque si seca las puntas o las pudre, tendrías que investigar si tienes problemas de raíces o riego o algo así. Esto no es siempre así y no en todos los árboles, claro, pero en estos casos, que seque una rama interior es algo natural en los juníperos, thujas y demás de esa familia.
Un saludo, y espero haberte ayudado un poco
Javi