Hola Pintura¡
Supongo que habrá alguna forma de eliminar el patógeno, pero el riesgo de que pueda afectar a otras plantas si el proceso de desinfectación no es correcto, siempre está ahí.
Normalmente los árboles con fungemias graves deben ser quemados, pero parece que tu árbol murió por algún hongo ubicuo y posiblemente por exceso de riego o sustrato poco drenante.
Si aun así quieres conservarlo, llena un cubo con agua, añade un buen chorro de lejía y deja el árbol 72 horas dentro. Así hay tiempo de que penetre en la madera y muera el hongo. Por supuesto, sin sustrato, solo lo madera. El sustrato eliminalo. Un saludo y suerte.